Nacido el 10 de julio de 1985 en Severoonezhsk, Rusia, se educó en la Universidad Técnica de los Estados Bálticos, donde estudió ingeniería aeronáutica.
En 2010 fue aceptado como candidato para el puesto de cosmonauta y después de dos años de entrenamiento se le otorgó el título de «cosmonauta de prueba».
A principios del 2016 fue asignado como ingeniero de vuelo a la tripulación de reserva de la Expedición 53 de la ISS, pero tras los cambios en el programa de laboratorio orbital, las tripulaciones fueron cambiadas.
Su segunda oportunidad llegó en febrero de 2018, cuando fue asignado a la tripulación de reserva de la misión Soyuz MS-16, que iba a formar parte de la Expedición 63 de la ISS.
En febrero de 2020, después de una lesión en el ojo del comandante de la misión, el cosmonauta Nikolai Tikhonov, Roscosmos decidió cambiar la tripulación principal por la de reserva, y Vagner se convirtió en ingeniero de vuelo del Soyuz MS-16 con Anatoli Ivanishin como comandante y el estadounidense Christopher Cassidy de la NASA.
Por si todo esto fuera poco, además Ivan tiene un especial gusto por la fotografía, de forma habitual nos sorprende en sus perfiles sociales con asombrosas fotos tomadas desde la ISS.
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