Después le seguirá una fase de seis meses de comisionamiento, durante la cual los ingenieros y científicos calibrarán los instrumentos, probarán los enlaces de transmisión de hora y las características del rendimiento de los relojes de ACES. En este periodo se conectará a un selecto grupo de estaciones terrestres varias veces cada día mientras órbita a bordo de la Estación Espacial Internacional.
Cuando dos de ellas están a la vista, se puede alcanzar una precisión de hasta la décima quintillonesima de segundo. Esto es entre uno y dos órdenes de magnitud mejor que los usados en los sistemas de navegación actuales como Galileo. Comparaciones entre relojes distantes situados en diferentes continentes nunca han sido comparados con esta precisión, tardarán en torno a una semana.
Para el final de la fase de comisionamiento los mejores parámetros de operación para PHARAO serán definidos. ACES empezará entonces una fase de dos años dedicada a la ciencia, hay programadas diez sesiones de 25 días de toma de datos.