En cuanto al medio terrestre, fuertemente influenciado también por la proximidad del océano, destacan los sistemas dunares, los acantilados y los matorrales de tojo y brezo. También en la parte emergida de las islas encontramos hábitats considerados como de interés comunitario o prioritarios por las directivas europeas, como las dunas grises, los matorrales litorales aerohalinos o los brezales húmedos atlánticos meridionales.
El principal problema para la conservación en este medio ha sido la presión humana. En las islas, sobre todo en Cíes, las plantaciones de eucaliptos, pinos y acacias han desplazado en varias zonas a la vegetación autóctona. La erradicación de estas especies alóctonas es un proceso a muy largo plazo en el que ya se está trabajando, cuyos resultados se apreciarán de forma gradual.
El pisoteo representa también un problema que afecta sobre todo a la vegetación de playas y dunas, en las que la presión turística se deja sentir especialmente, por lo que se está actuando para que estas zonas de alto valor ecológico no resulten irreversiblemente dañadas. Los vallados que rodean parte de los sistemas dunares que encontramos en las Islas Atlánticas responden a esta necesidad de protección de estos frágiles y valiosos ecosistemas.
En la actualidad se están llevando a cabo actuaciones para desarrollar una adecuada gestión del uso público, los residuos en las islas, la navegación y fondeo de embarcaciones, la pesca y el marisqueo, etc. Todo ello debe ir unido a una mejora del conocimiento científico sobre el medio que sirva de base para una mejor gestión, por lo que se están realizando estudios para disponer del mayor número de datos posible sobre el medio natural y los aspectos culturales del Parque. El Plan Rector de Uso y Gestión del Parque Nacional, de reciente aprobación, constituye el principal instrumento de gestión, y en un futuro también se elaborarán probablemente varios planes sectoriales que regulen aspectos más concretos de la gestión, como un plan de ordenación de los recursos marinos o un plan de uso público.
Una década después del accidente del petrolero Prestige en noviembre de 2002, los resultados de los trabajos científicos realizados en las zonas del Parque Nacional las Islas Atlánticas de Galicia afectadas por el vertido, revelan que la mayor parte de sus consecuencias negativas han sido ya superadas. La principal repercusión todavía relacionada directamente con el fuel es el descenso de la población de cormorán moñudo, para el que se ha elaborado un plan de recuperación específico.
El Parque Nacional está adherido al convenio internacional OSPAR sobre la conservación de ecosistemas marinos, la salud humana y las áreas marítimas afectadas por contaminación grave. En el apartado destinado a las aves marinas se incide en que, pese a la mortalidad detectada durante la marea negra, posteriormente, el fuel tuvo un “efecto reducido” sobre la mayor parte de las aves marinas invernantes, que incluso han aumentado en número.